토지관할

특허법원의 토지관할은 대한민국 전 지역이다. 따라서 특허심판원의 심결 또는 결정에 대한 불복의 소와 특허권 등의 침해사건 1심 판결에 대한 불복의 소는 당사자의 주소가 어느 곳이든 묻지 않고 특허법원에 제기하여야 한다.

심급관할

1. 심결취소 소송

종전에는 특허청의 심판과 항고심판을 거친 후 바로 대법원에 상고할 수 있어서 법원에서의 사실심에 관한 재판이 생략된 구조로 운용되어 왔는데, 특허법원이 사실심 재판을 담당하는 고등법원급의 전문법원으로 설치되어 특허심판원의 심결 또는 결정에 대한 불복의 소를 전속적으로 관할하게 하고, 특허법원의 판결에 대하여 불복이 있는 경우에는 대법원에 상고할 수 있도록 함으로써, 특허심판원의 심결 또는 결정에 대한 특허소송은 특허법원 → 대법원으로 이어지는 2심제로 운영되고 있다.

2. 특허권 등 침해사건 항소심

2016. 1. 1.부터는 특허권 등 침해사건의 항소심 사건을 관할하게 됨에 따라 특허권 등 침해사건은 지방법원 합의부(서울중앙, 부산, 대구, 광주, 대전지방법원) → 특허법원(항소심) → 대법원으로 이어지는 3심제로 운영되게 되었다.

특허법원의 관할에 속하는 사건

1. 심결취소 소송

1. ㉮ 특허법원에서는 특허법 제186조 제1항, 실용신안법 제33조, 디자인보호법 제166조 제1항, 상표법 제85조의2 제1항이 정하는 다른 법률에 의하여 특허법원의 권한에 속하는 사건(예, 식물신품종 보호법 제103조 제1항)의 제1심 재판을 담당한다.
2. ㉯ 위 사건들은 대체로 거절결정 또는 보정각하결정에 대한 취소청구, 특허·실용신안·디자인·상표의 무효청구 및 권리범위확인청구, 상표등록취소청구 등의 사건으로서 특허권 등의 성립이나 그 효력을 다투는 것들이고, 이에 반하여 일반적으로 특허침해소송이라고 불리는 특허·실용신안·디자인·상표에 관한 권리침해금지청구소송, 손해배상청구소송, 신용회복조치청구소송 등의 민사소송은 특허법원의 관할에 속하지 아니하며, 일반법원에서 이를 심리ㆍ재판하고 있다.
3. ㉰ 특허법원이 취급하는 사건의 종류
   1. ① 특허청장을 피고로 한 결정계 심결취소소송
      1. ㈀ 보정이 명세서 또는 도면의 요지변경에 해당함을 이유로 하는 심사관의 보정각하결정에 대한 심판의 심결에 대한 취소소송
      2. ㈁ 심사관의 거절결정, 취소결정 심판의 심결에 대한 취소소송
      3. ㈂ 위 각 심판의 심판청구 각하의 심결에 대한 취소소송
      4. ㈃ 위 각 심판의 심판청구서 각하결정에 대한 취소소송
      5. ㈄ 거절결정에 대한 심판에서의 심판관의 보정각하결정에 대한 취소소송
      6. ㈅ 정정심판의 심결에 대한 취소소송
   2. ② 등록권리자 또는 이해관계인을 피고로 하는 당사자계 심결취소소송
      1. ㈀ 특허·실용신안·디자인·상표에 관한 무효심판, 존속기간연장등록 무효심판, 권리범위확인 심판, 정정무효심판, 통상실시권허여심판의 심결취소소송과 상표에 관한 등록취소심판의 심결취소소송
      2. ㈁ 위 각 심판의 심판청구 각하의 심결에 대한 취소소송
      3. ㈂ 위 각 심판의 심판청구서 각하결정에 대한 취소소송
   3. ③ 농수산물 품질관리법의 소송(농수산물 품질관리법 제54조의 제1항)
      1. ㈀ 심결에 대한 소송의 관할은 특허법원으로 한다.
   4. ④ 식물신품종 보호법상의 소송 (식물신품종 보호법 제103조 제1항)
      1. ㈀ 심결에 대한 소와 심판청구서 또는 재심청구서의 보정각하결정에 대한 소는 특허법원의 전속관할로 한다.

2. 특허권 등 침해사건 항소심

1. ㉮ 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권, 품종보호권(특허권 등)에 관한 사건의 항소사건을 처리한다. (법원조직법 제28조의4(심판권) 제2호 민사소송법 제24조제2항 및 제3항에 따른 사건의 항소사건)